När Kalla kriget tog slut inleddes en omprövning av det svenska försvaret. Följden blev att flera regementen och förband lades ner och verksamheten koncentreras. På de orter där Försvarsmakten valde att behålla verksamheten, tillkom nya funktioner. Det innebar investeringar i nya byggnader eller ombyggnader, ofta med ett avancerat tekniskt innehåll
Exempel på försvarsfastigheter byggda under denna tidsperiod är: JAS-hangaren i Ronneby, Archer-hallen i Boden, Gripencentrum i Såtenäs, Simulatorbyggnaden i Karlskrona och Berga flygledartorn.
1998 fick Fortifikationsverket i uppdrag av regeringen att upprätta ett kvalitetsprogram för arkitektur. Liknande uppdrag gick även ut till sju andra statliga myndigheter, bland dem Fastighetsverket och Vägverket. Regeringsuppdraget hade sin grund i regeringens proposition från 1997 med inriktning att ge goda förutsättningar för utveckling av arkitektur, formgivning och design.
Fortifikationsverket instiftade ett arkitekturpris för att utveckla den militära byggnadstraditionen och inspirera till god arkitektur i försvarsfastigheter. Arkitekturpriset har delats ut sju gånger sedan det instiftades.